Si tiene algun problema al crear el codigo html para asi poder colocar su aplicacion flash en su web, SwfObject es la solucion, permite de una forma sencilla la generacion del codigo necesario para solucionar problemas tan comunes como el modo FullScreen que no funciona correctamente en internet explorer (ie6,ie7).
SwfObject es software libre y maneja estandares, ademas es compatible con la mayoria de navegadores web.
Documentacion en castellano